Maribo Gymnasium styres efter gældende lovgivning for selvejende institutioner under undervisningsministeriet, dvs. at skolens bestyrelse har ansvaret for, at aktiviteterne på skolen varetages i overensstemmelse med de mål, rammer og vilkår, der er fastsat i de relevante love og bekendtgørelser.
Bestyrelsen ansætter skolens leder, som har ansvaret for skolens daglige drift.
Skolebestyrelsen træffer inden for de rammer, der er fastsat i love og bekendtgørelser, beslutning om blandt andet skolens udbud af studieretninger.